علاوه بر تاثیرات اقلیمی، تالاب انزلی از مراکز مهم جذب گردشگر گیلان محسوب می‌شود و معیشت جمعیت قابل توجهی از ساکنان حاشیه تالاب از نظر کشاورزی، صیادی و تامین مواد اولیه صنایع دستی به حیات آن وابسته است. فاضلاب‌های صنعتی، خانگی، بیمارستانی، ضایعات کشتارگاهی، سموم کشاورزی، پسماندها و نخاله‌ها، گیاهان مهاجمی چون آزولا و سنبل آبی، تصرف اراضی و ساخت و ساز در حریم تالاب، آتش زدن نیزارها با هدف تصرف، ورود رسوبات از رودخانه‌ها و انتقال آلودگی از دریا و کاهش میزان آب موجود، حیات تالاب انزلی را به شدت به خطر انداخته است.این معضلات تالاب انزلی را سال ۱۹۹۳ در فهرست تالاب‌های در معرض خطر (مونترو) قرار داد. تصاویر کاهش سطح آب تالاب انزلی و به گِل نشستن قایق های تفریحی را نشان می دهد