محدودیت عبور کشتی از کانال پاناما می‌تواند منجر به زمان انتظار طولانی‌تر شود. بسته به سطح آب و پیش‌بینی‌های هواشناسی، باید ظرفیت عبور روزانه نسبت به شرایط انطباق یابد. به دلیل خشکسالی در آمریکای مرکزی تردد کشتی‌ها از کانال پاناما محدود شده است. روزانه تعداد محدودی اجازه عبور از این آبراهه مهم را دارند. گفته می‌شود سطح دریاچه مصنوعی گاتون در وسط این کانال کاهش یافته است.