زیباکلام در یک مصاحبه به شدت از بیانیه میرحسین موسوی درباره حمله اسرائیل به ایران انتقاد کرد/زیباکلام گفت: عبور از نظام نشدنی است. در این جنگ ۱۲ روزه مردم پشت حکومت درآمدند و کار رضا پهلوی و اپوزیسیون را تقبیح کردند.