مرکز خدمات حوزه‌های علمیه بیشترین بودجه در میان نهاد‌های حوزوی را می‌گیرد. ۹ نهاد حوزوی اصلی، حدود ۳۱ هزار میلیارد تومان در سال ۱۴۰۵ بودجه خواهند گرفت که معادل حدود ۰.۵ درصد از کل بودجه است.