در روز ۶ تیر ماه ۱۳۶۰، زمانی که آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان امامت جمعه تهران در مسجد ابوذر تهران به پرسش‌های مردم پاسخ می‌دادند هدف ترور گروهک منافقین قرار گرفتند و تا مرز شهادت پیش رفتند. ایشان نخست به بیمارستان بهارلو برده می‌شوند، اما به دلیل کمبود امکانات با هلی‌کوپتر به بیمارستان قلب منتقل می‌شوند.