اقتصاد۲۴ - شجریان نخستین بار با فرخنده گل افشان ازدواج کرد و صاحب ۴ فرزند با نام‌های راحله، افسانه، مژگان و همایون شد. شجریان در سال ۱۳۷۱ از این بانو جدا شد و یک سال بعد با خانم کتایون خوانساری ازدواج کرد.