بر این اساس به منظور رفع ایراد ردیف (۱) شورای نگهبان، یک تبصره به شرح زیر به عنوان تبصره (۳) به ماده (۵۴ مکرر) قانون مالیات‌های مستقیم مصوب ۳/ ۱۲/ ۱۳۶۶ با اصلاحات و الحاقات بعدی الحاق شد:
«تبصره ۳- در صورتی که مالک، واحد مسکونی خود را برای فروش یا اجاره، حسب مورد به ارزش اجاری موضوع ماده (۵۴) این قانون یا میانگین قیمت‌های روز منطقه موضوع ماده (۶۴) این قانون، از طریق سامانه معاملات املاک که وزارت راه وشهرسازی ظرف حداکثر سه ماه از لازم‌الاجرا شدن این ماده، با استفاده از امکانات موجود، راه اندازی و اجرا می‌کند، عرضه نماید، مشمول مالیات موضوع این ماده نمی‌شود. اگر مالک بیش از دوبار از اجاره یا فروش ملک خود به‌قیمت‌های مذکور خودداری کند، واحد مذکور از زمانی که به استناد سامانه ملی املاک و اسکان کشور به عنوان خانه خالی شناسایی شده است، حسب مورد مشمول مالیات موضوع این ماده یا جریمه موضوع بند (۵) تبصره (۸) ماده (۱۶۹ مکرر) این قانون می‌شود.
سامانه معاملات املاک باید به گونه‌ای طراحی شود که قابلیت ارزش‌گذاری واحد‌های مسکونی به قیمت‌های مذکور، امکان ثبت درخواست متقاضی خرید یا اجاره املاک عرضه شده در آن و ثبت تحقق یا عدم تحقق معامله را داشته باشد. در صورت نیاز، وزارت راه و شهرسازی می‌تواند از منابع تخصیص‌یافته حاصل از مالیات بر خانه‌های خالی برای تامین هزینه‌های ارتقاء و نگهداری این سامانه استفاده نماید که میزان آن در قوانین بودجه سنواتی مشخص می‌گردد.»
همچنین به منظور رفع ایراد ردیف (۳) شورای نگهبان، یک تبصره به شرح زیر به عنوان تبصره (۴) به ماده (۵۴ مکرر) قانون الحاق شد:
«تبصره ۴- واحد‌های مسکونی موقوفه که براساس استعلام از سازمان اوقاف و امور خیریه امکان اجاره آن‌ها حسب وقف‌نامه وجود ندارد، مشمول مالیات موضوع این ماده نخواهند بود.»
نمایندگان در ادامه اصلاحات متن زیر را به عنوان تبصره (۸) به ماده (۱۶۹ مکرر) قانون مالیات‌های مستقیم مصوب ۳/ ۱۲/ ۱۳۶۶ با اصلاحات و الحاقات بعدی، الحاق کردند:
وزیر راه و شهرسازی مکلف است حداکثر ظرف مدت سه ماه پس از لازم‌الاجراء شدن این تبصره، ضمن تدوین و ابلاغ دستورالعمل نحوه ثبت اطلاعات، امکان اظهار رایگان مربوط به املاک تحت تملک و محل اقامت یا بهره‌برداری اشخاص حقیقی و حقوقی از جمله اشخاص موضوع ماده (۲۹) قانون برنامه پنجساله ششم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران مصوب ۱۴/ ۱۲/ ۱۳۹۵ را در سامانه ملی املاک و اسکان کشور در تمام مناطق کشور فراهم نماید.
به منظور رفع ایرادات ردیف (۲) شورای نگهبان، جزء (۵) تبصره (۸) ماده (۱۶۹ مکرر) به شرح زیر اصلاح شد:
«۵- واحد‌های مسکونی واقع در شهر‌های زیر یکصدهزار نفر جمعیت و روستا‌های کشور که مالک و بهره‌بردار آن‌ها هریک جداگانه در سامانه ملی املاک و اسکان کشور ثبت نشده باشد در حکم خانه خالی تلقی شده و صرفاً مشمول جریمه‌ای معادل بیست درصد (۲۰%) مالیات سال اول موضوع ماده (۵۴ مکرر) این قانون خواهد شد و واحد‌های مسکونی واقع در شهر‌های بالای یکصدهزار نفر جمعیت که مالک و بهره بردار آن‌ها هر یک جداگانه در سامانه ملی املاک و اسکان کشور ثبت نشده باشد، در حکم خانه خالی موضوع ماده (۵۴ مکرر) این قانون محسوب و مشمول مالیات مربوطه می‌شوند. مالکان واحد‌های مسکونی مکلفند اقامت اعلام شده توسط خود یا بهره‌برداران واحد مسکونی در سامانه مذکور را تایید کنند؛ در غیر اینصورت، واحد‌های مذکور در حکم خانه خالی تلقی شده و حسب مورد مشمول مالیات موضوع ماده (۵۴ مکرر) این قانون یا جریمه موضوع این بند می‌شوند. در صورت عدم اعلام بهره‌بردار یا ساکن، مالک می‌تواند با ارائه اسناد مثبته از شمول این مالیات خارج شود. در صورت احراز تخلف مالک به نحوی که منجر به عدم تشخیص یا تشخیص غلط خانه خالی گردد، مالک علاوه بر پرداخت مالیات مندرج در ماده (۵۴ مکرر) این قانون، مشمول جریمه‌ای معادل مالیات متعلقه می‌شود. سامانه باید به گونه‌ای طراحی شود که مالک بتواند ادعای مستاجر مبنی بر داشتن یا نداشتن اقامتگاه اصلی را راستی آزمایی نماید، در غیر اینصورت مسئولیتی متوجه موجر نخواهد بود. در صورتی که مالک بخواهد واحد مسکونی خود را به فردی که اقامتگاه اصلی دیگری در سامانه برای او تعریف شده است اجاره دهد، واحد مسکونی وی در حکم خانه خالی موضوع ماده (۵۴ مکرر) این قانون تلقی شده و حسب مورد مشمول مالیات موضوع ماده (۵۴ مکرر) این قانون یا جریمه موضوع این بند می‌شود و واحد مذکور از شمول مالیات موضوع ماده (۵۳) این قانون خارج است.»
به منظور رفع ابهام پس از رفع ایراد شورای نگهبان، در جزء (۱۰) تبصره (۸) ماده (۱۶۹ مکرر) قانون، عبارت «به دلیل حکم قضائی» به عبارت «به دلیل رأی قضائی» اصلاح شد.