تالاب انزلی به دلیل ورود فاضلاب‌های خانگی و کشاورزی پنج شهر با افزایش رسوبات و لجن‌ها، کاهش عمق و حجم آب و در نتیجه نابودی تنوع زیستی مواجه است. سازمان حفاظت محیط زیست درصدد آن است که از طریق روش «بایوجیمی» عمق لجن‌ها را کاهش دهد اما فعالان محیط زیست نسبت به خطرات احتمالی این طرح برای سلامت آبزیان و شهروندان این منطقه نگران هستند و معتقدند که ترکیب به کاررفته در روش «بایوجیمی» سرطان‌زاست.