اقتصاد ۲۴- روز چهارشنبه ۲۸ آبان ۱۳۵۹ امام خمینی طی حکمی حجت‌الاسلام سید محمد خاتمی را به عنوان سرپرست روزنامه‌ی «کیهان» منصوب کرد. متن این حکم که فردای آن روز در روزنامه‌ی کیهان منتشر شد به این شرح بود:
بسم‌الله الرحمن‌الرحیم
جناب مستطاب حجت‌الاسلام آقای سید محمد خاتمی دامت افاضاته
از آن‌جا که مطبوعات کشور در ساختن جامعه نقش موثری را ایفا می‌نمایند جنابعالی را به خاطر شایستگی و لیاقتی که در اداره‌ی این‌گونه امور دارید به سرپرستی روزنامه‌ی کیهان که مربوط به مستضعفین است منصوب می‌نمایم و البته متوجه هستید که مطبوعات باید همیشه در خدمت اسلام عزیز و مردم و کشور باشند و از آزادی‌ها در حدود قوانین مقدس اسلام و قانون اساسی به بهترین وجه تامین شود. امید است به یاری خدا و با همکاری کارکنان متعهد، این روزنامه را در راه تحقق بخشیدن به آرمان‌های انقلاب اسلامی اداره نمایید. از خدای متعال توفیق همگان را در این راه مسئلت دارم.
به تاریخ ۲۸ آبان‌ماه ۱۳۵۹
روح‌الله الموسوی‌الخمینی
دو سه روز پس از صدور این حکم، سید احمد خمینی در تماس با خبرنگار کیهان به پرسش او درباره‌ی نظرش نسبت سید محمد خاتمی و سرپرستی ایشان بر کیهان پاسخ داد. وی ضمن اشاره به مقام علمی سید محمد خاتمی و اجمالی از سوابق مبارزاتی او به خصوصیات اخلاقی‌اش اشاره کرد و افزود: «امیدوارم با خصوصیاتی که از او سراغ دارم به بهترین وجه آن‌جا را اداره نماید.» مشروح سخنان سید احمد خمینی که روز یک‌شنبه دوم آذر ۱۳۵۹ در روزنامه‌ی کیهان منتشر شد به این شرح بود:
دکتر محمد خاتمی را از خیلی قدیم می‌شناسم. کمتر کسی را به صفا و پاکی و تعهد او دیده‌ام. او کسی است که زندگی را مانند بسیاری از روحانیون با سختی شروع کرده است و به حمدالله موفق هم بوده است. مردی است مبارز و متقی. امیدوارم با خصوصیاتی که از آن سراغ دارم به بهترین وجه آن‌جا را اداره نماید. با گروه‌هایی که کار مبارزاتی حوزه‌ی علمیه‌ی قم را به دوش می‌کشیدند همکاری بسیار نزدیک داشت. تا اندازه‌ای خوش‌قلم است و من در روحانیون کسی را به خوش‌نویسی او ندیدم و یا بسیار کم دیده‌ام. البته در روحانیون، به همین دلیل، عمده‌ی کار نویسندگی گروه‌های مبارزی را که سال‌ها در خانه‌های امن زندگی می‌کردند به دوش می‌کشید. البته در ابتدا با یک واسطه و بعد مستقیم مطالبی درباره‌ی کودتا در سازمان مجاهدین نوشت و منتشر شد. به عقیده‌ی من چیز جالبی بود و انحراف [را]در حرکت نشان داده بود. خطبه‌هایی از امام حسین با نثر بسیار شیرین ترجمه کرده است. [..]برادرم محمد خاتمی [.]خیلی شریف است و متدین. کار‌هایی را که حضرت امام برعهده‌اش گذاشته‌اند ان‌شاءالله خوب انجام می‌دهد. از او و همه بهتر پدر عزیز و نازنین اوست. مردی کامل است متقی و پارسا و بی‌ریا و چنان به ریا و حقه‌بازی تودهنی زده است که جرأت نزدیک شدن به او را پیدا نکند. یکی از افتخارات من این است که گاهی خدمت‌شان می‌رسم و دست‌شان را می‌بوسم. افسوس که ناشناخته مانده است. بسیار روشن است و باز فکر می‌کند، درست مثل مرحوم آیت‌الله طالقانی. از نظر فکری در میان روحانیون حضرت آیت‌الله آقای حاج آقا روح‌الله خاتمی در ایران نظیر ندارد و باید دست و آستانش را بوسید و متبرک شد. نوکری او را کردن مطمئنا آدم را راهی بهشت می‌نماید.
برادر عزیزم آقای دکتر سید محمد خاتمی از نظر علمی بسیار خوب و بامعلومات است. از قدیم و جدید می‌داند موفقیت و خوش‌بختی‌اش را آرزومندم. سید احمد خمینی