علی مطهری با اشاره به سرقت از دفتر سروش محلاتی در قم از وزارت اطلاعات خواست تا در قبال این موضوع پاسخگو باشد و به نمایندگان و حوزه هشدار داد که بی‌تفاوت از کنار این موضوع رد نشوند.
مرکز مدیریت حوزه علمیه خواهران در بیانیه‌ای قتل دختر ۱۳ساله تالشی را حاصل نظام اشتباه تربیتی و عاطفی، مخالفت با ازدواج دختران زیر ۱۸ سال تحت عنوان کودک همسری و نگاه قبلیه‌ای به زن و قتل پیرزن کرمانشاهی را نیز نتیجه فراموش شدن واژه "مستضعف" در قاموس سیاسی مسوولان نظام و منازعه بی نتیجه اولویت عدالت و ولایت دانسته است.
اصلی‌ترین نکته‌های مورد نظر امام، در مورد جلوگیری از خرج‌تراشی توسط نهاد‌های وابسته به حوزه علمیه ، یکی حفاظت از استقلال روحانیت بود و دیگری مصون نگهداشتن روحانیت از تشریفات. با رعایت این دو نکته است که حوزه‌های علمیه می‌توانند اسلام و تحصیل را اساس کار خود قرار دهند و مانع کاهش معنویت شوند. با از دست رفتن این امتیازات، حوزه‌های علمیه و روحانیت، از مردم فاصله می‌گیرند، جایگاه خود را از دست می‌دهند و به موجودیتی وابسته به حاکمیت و قدرت سیاسی تبدیل می‌شوند که بدترین سرنوشت است. باید اعتراف کنیم که برخلاف توصیه‌های امام خمینی، حوزه‌های علمیه گرفتار تشریفات، ازدیاد ساختمان‌ها، دریافت بودجه از حاکمیت و دولت و درنهایت وابسته شدن به قدرت سیاسی و فاصله گرفتن از مردم شده‌اند.
عباس تبریزیان که خود را متخصص طب اسلامی سنتی می‌داند، در فیلمی که از خود منتشر کرده، کتاب طب داخلی هاریسون را آتش می‌زند. این اقدام واکنش‌های مختلفی را در پی داشت و آیین کتاب سوزی به اقدامات عصر جاهلیت تشبیه شد. رویداد۲۴ در گزارش چهره‌های خود پیشینه تبریزیان را بررسی کرده است؛ پیشینه‌ای که تا درمان ناکام آیت الله هاشمی شاهرودی را نیز در برمی‌گیرد.
مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه با صدور بیانیه‌ای آتش زدن کتاب علمی «طب هاریسون»، را محکوم و تاکید کرد: این گونه تفکرات و اقدامات در حوزه علمیه جایگاهی نداشته و انتسابی به حوزه و روحانیت ندارد.
مسیح مهاجری نوشت: «باید اقرار کنیم که امروز جریان‌هایی در حوزه‌های علمیه و کلیت روحانیت نفوذ کرده‌اند که برای آنها خط مشی تعیین می‌کنند و آنها را به اموری سرگرم می‌کنند که در تضاد با جایگاه معنوی و هدایتگرانه‌شان است.»
اسماعیل آذری‌نژاد از آن دسته روحانی‌هایی است که هم‌زمان با حضور در مسجد و حوزه علمیه ، در بطن جامعه هم فعالیت پُر رنگی دارد. او سالهاست با زیرپا گذاشتن کوه‌ها و دره‌ها، کتاب و قصه را برای بچه‌های روستاهای دورافتاده هدیه می‌برد.
7271 نفر از طلاب، فضلا و اساتید حوزه علمیه قم، طی نامه‌ای به رییس جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، دبیر و اعضای شورای‌عالی حوزه های علمیه و مدیر حوزه های علمیه سراسر کشور، خواستار برگزاری تجمع در مدرسه فیضیه قم در دفاع از معیشت مردم و مخالفت با لوایح FATF شدند.
آیت الله مکارم شیرازی گفت: اخیرا در این فکر فرو رفتم که باید خدمات حوزه را به جامعه بیان کنیم تا بدکاران و بد اندیشانی که به فکر تخریب حوزه هستند، واقعیت ها را بدانند؛ بیان نمودن خدمات حوزه ریاکاری نیست.
سخنگوی هیات رئیسه مجلس خبرگان رهبری با تاکید بر اینکه بصیرت مردم کمر هر فتنه ای را خواهد شکست، گفت: حوزه علمیه بصیر است و همان حوزه ای است که در پیدایش این انقلاب نقش موثر داشته، دارد و خواهد داشت.