اصلیترین نکتههای مورد نظر امام، در مورد جلوگیری از خرجتراشی توسط نهادهای وابسته به حوزه علمیه، یکی حفاظت از استقلال روحانیت بود و دیگری مصون نگهداشتن روحانیت از تشریفات. با رعایت این دو نکته است که حوزههای علمیه میتوانند اسلام و تحصیل را اساس کار خود قرار دهند و مانع کاهش معنویت شوند. با از دست رفتن این امتیازات، حوزههای علمیه و روحانیت، از مردم فاصله میگیرند، جایگاه خود را از دست میدهند و به موجودیتی وابسته به حاکمیت و قدرت سیاسی تبدیل میشوند که بدترین سرنوشت است. باید اعتراف کنیم که برخلاف توصیههای امام خمینی، حوزههای علمیه گرفتار تشریفات، ازدیاد ساختمانها، دریافت بودجه از حاکمیت و دولت و درنهایت وابسته شدن به قدرت سیاسی و فاصله گرفتن از مردم شدهاند.
این بار را نمایندگان مجلس یازدهم باید بر دوش بکشند و مباد که آنها هم به مجرد استقرار در صندلیهای راحت خانه ملت، از رنجی که ملت میبرد غفلت کنند و حقوق نجومی همچنان با چراغ سبز قانون! به ریش اقشار ضعیف جامعه بخندد.
مسیح مهاجری می گوید: آیت الله هاشمی ظرفیتهای زیادی داشت؛ همین بس که یک ملاقات ایشان با امیرعبدالله (پادشاه عربستان) در پاکستان توانست روابط ایران و عربستان را به جایی برساند که ایران بتواند بهترین استفادهها را از این روابط ببرد.
مسیح مهاجری در روزنامه جمهوری اسلامی نوشت:ورود ایران به مرحله دوم کاهش تعهدات برجامی، واقعیتهایی را به اثبات رساند که توجه به آنها از اهمیت زیادی برخوردار است.
مسیح مهاجری در سرمقاله روزنامه جمهوری اسلامی نوشت:بسیار دیدهام که افرادی از اینکه کشتیهای نفتی بندر فجیره منفجر میشوند یا فرودگاه بخران را پهپادهای یمنی به آتش میکشند و یا نیروهای انصارالله یمن عدهای از نظامیان سعودی را به قتل میرسانند، خوشحال میشوند و احساس خوبی پیدا میکنند. ولی من هرگز از شنیدن چنین خبرهائی خوشحال نمیشوم.