سیدمحمد خاتمى در واکنش به انتقادات به پزشکیان، خواستار درک موقعیت پیچیده و خطیر کنونی و برخورد واقع‌بینانه و مبتنی بر اطلاعات درست و انصاف در قبال آنچه که رخ داده و خواهد داد، شد. وی در جمع مشاوران خود تأکید کرد: «انتخاب اعضای هیئت دولت در مجموع روند قابل فهم و طبیعى داشته است.
حجت الاسلام سیدمحمد خاتمی، رئیس دولت اصلاحات شب گذشته با حضور در منزل علی ربیعی، درگذشت برادر وی مرحوم سردار محمد ربیعی را به وی و سایر بازماندگان تسلیت گفت.
محمد خاتمی رئیس جمهور وقت ایران در سال ۱۳۸۱ به همراه مسعود پزشکیان وزیر بهداشت وقت کشور، در بازدید از مرکز قلب و عروق تهران با ۵۰۰ تخت این عکس را به ثبت رساندند.
مسعود پزشکیان رئیس‌جمهوری منتخب در یک روز دو بار به دیدار سیدمحمد خاتمی رئیس‌جمهوری پیشین ایران رفت که هرچند در اخبار ساعت ۱۴ شبکه اول سیما از او به‌عنوان رئیس دولت‌های هفتم و هشتم یاد شد اما عنوانی که با آن شناخته است و قامت او را می‌برازَد، رهبری جبهۀ اصلاحات است.
حجت الاسلام و المسلمین خاتمی در این دیدار که خانواده دکتر پزشکیان نیز حضور داشتند، توفیق وی در مسئولیت سنگین و دشوار ریاست جمهوری را از خداوند مسألت کرد.
امروز در بخش خبری ساعت ۱۴ با اشاره به دیدار‌های چهره‌های مختلف با مسعود پزشکیان، رئیس جمهور منتخب، تصویر دیدار سیدمحمد خاتمی با مسعود پزشکیان نیز منتشر و اعلام شد که رئیس جمهور پیشین به دیدار پزشکیان رفته است. این اقدام جدید صداوسیما را باید به فال نیک گرفت. مدیریت‌های پیشین این سازمان، عموما وقتی قصد تخریب چهره‌هایی، چون خاتمی را داشتند تصاویر وی را منتشر می‌کردند. امیدواریم که رویه پیشین حذف و رویه جدید مستمر باشد.
در پی انتخاب دکتر مسعود پزشکیان به عنوان رئیس جمهوری اسلامی ایران از سوی ملت ایران، حجت الاسلام و المسلمین سید محمد خاتمی امشب با وی دیدار و گفتگو کرد. در این دیدار رئیس دولت اصلاحات ضمن تبریک به پزشکیان به خاطر کسب رأی مردم، توفیق وی در مسئولیت سنگین و دشوار ریاست جمهوری را از خداوند مسألت کرد.
مصطفی معین، وزیر علوم درباره حوادث کوی دانشگاه که در ۱۸ تیر ۱۳۷۸ رخ داد، روایت می‌کند. او می‌گوید: دانشجو در این حادثه قربانی شد، چون گناهی نداشت، امانتی بود در دستان ما، کوی خانه او بود، اما شبانه به او حمله کردند، دست و پای او را شکستند، از بالای بام پرتابش کردند، اتفاقی که حتی برای دانشجوی خارجی هم افتاد، در بیمارستان از یک دانشجوی دکتری پاکستانی عیادت کردم که دست و پایش شکسته بود، دانشجو قربانی شد بدون اینکه گناهی کرده باشد، فقط درصدی از دانشجو‌ها تصمیم گرفتند برای اعتراض از کوی بیرون بیایند، اکثر آن‌ها در اتاق خودشان بودند، اما چرا به همه آسیب زدند. ویژگی جوان و دانشجو این است که آرمان‌خواه باشد، آرمان‌خواهی که چیز بدی نیست.
حجت الاسلام و المسلمین سید محمد خاتمی صبح امروز جمعه ۸ تیر ۱۴۰۳ در اولین دقایق آغاز رأی‌گیری «انتخابات چهاردهمین دوره ریاست جمهوری اسلامی ایران» رأی خود را به صندوق حسینیه جماران انداخت.
حجت الاسلام و المسلمین سید محمد خاتمی در روز رای گیری مرحله دوم انتخابات ۱۴۰۳ گفت: امروز جوری نباشد که بعدا افسوس بخوریم از اینکه فرصت را از دست دادیم؛ همه بیایند و با شوق و به امید بهبود و به امید سربلندی ایران و انشاءالله که موفق باشند.