علی مطهری ، دستور اخیر رییس قوه قضاییه برای برخورد رافت آمیز با افرادی که در تجمعات خوزستان یا آبان ۹۸ صرفا اعتراض داشته و آسیبی به اموال عمومی نزده اند را قابل تقدیر دانست.
علی مطهری ، نایب رئیس مجلس دهم گفت: راه دیگری جز صندوق رأی برای اصلاح امور وجود ندارد چون همه ما معتقدیم که اصل نظام باید حفظ شود و هیچ کس به دنبال این نیست که بخواهد با شورش، اعتراض خودش را اعلام کند.
نماینده پیشین مجلس اظهار کرد: اگر همه مخالفان رویه شورای نگهبان و همه موافقان انتخابات آزاد از جمله اصلاح طلبان و معتدلان از همتی حمایت کنند احتمال اینکه انتخابات به دور دوم کشیده شود زیاد است.
علی مطهری در واکنش به بیانیه شورای نگهبان پس از تذکر رهبر معظم انقلاب نوشت: جبرانی صورت نگرفت و معلوم شد شورای نگهبان التزام عملی به نظام ندارد، همان چیزی که این شورا تاکنون افراد زیادی را به این بهانه رد صلاحیت کرده است.
علی مطهری در یادداشتی نوشت: کسانی که قبلا برای پیروزی کاندیدای خاصی برنامه‌ریزی کرده بودند، با ورود آقای لاریجانی به صحنه انتخابات در دقیقه نود، دستپاچه شدند و به مصداق «شخص غریق به هر دست‌آویزی چنگ می‌اندازد»، چون دلیلی برای رد صلاحیت ایشان نداشتند موضوع فرزندانشان را در شورا مطرح کردند.