علی مطهری در واکنش به تصمیم جدید مجلس در مورد قوانین انتخابات مجلس در توئیتی نوشت: تشخیص مدیر و مدبر بودن نامزد‌های ریاست جمهوری را بر عهده شورای نگهبان گذاشته و نیز این شورا را مجاز به بررسی برنامه آن‌ها دانسته است.
علی مطهری ، نماینده سابق مجلس گفت: اینکه ما یک رئیس جمهور نظامی داشته باشیم به معنی قحط الرجال است و اینکه ما نیروی غیرنظامی در حد ریاست جمهوری نداریم و مجبور شده‌ایم از میان نظامی‌ها رئیس جمهور انتخاب کنیم. این به صلاح کشور نیست.
علی مطهری در یادداشتی نوشت:بدون شک نوع رفتار برخی افراد و گروه‌هایی که خود را انقلابی می‌نامند و معمولاً مرتبط با نهاد‌های حکومتی هستند آفتی است که کیان جمهوری اسلامی را تهدید می‌کند.
علی مطهری در یادداشتی که در کانال تلگرامی اش منتشر کرده، نوشت: هشتم ربیع‌الاول روز شهادت امام حسن عسکری علیه‌السلام و آغاز امامت حضرت ولیّ عصر امام زمان علیه‌السلام است. در مجلس نهم یکی از اعضای هیئت رئیسه در پی درخواست یکی از علمای قم به او قول داد که این روز را تعطیل کند. فضای مجلس مخالف این تعطیلی بود، زیرا تکلیف مردم در این تعطیلی معلوم نیست که روز عزاست یا روز شادی.
علی مطهری نوشت: عرض‌اندام‌ها و عربده‌کشی‌های لات‌ها و اراذل همیشه در وقتی است که احساس می‌کنند پلیس اقتدار لازم را ندارد. شاید نوع رفتار قوه قضائیه هم در ظهور این پدیده مؤثر باشد. لاتی که احساس می‌کند بعد از ارتکاب یک جنایت به‌راحتی از زندان آزاد می‌شود، طبعا جری و سرکش می‌شود و نفس‌کش می‌طلبد.