جماعت شیعیان خوجه در لندن پرسش‌هایی را درباره واکسن کرونا از محضر مرجع عالیقدر جهان تشیع مطرح کردند که دفتر حضرت آیت الله العظمی سیستانی به این پرسش‌ها در تاریخ هفتم دی ماه ۱۳۹۹ (۱۲ جمادی الاول ۱۴۴۲) پاسخ دادند.
در پی نشر گسترده شایعاتی در فضای مجازی که روح الله زم با نامه ای که نام و مهر دفتر حضرت آیت الله العظمی سیستانی را داشته به عراق دعوت شده است، دفتر مرجعیت عالی شیعیان در نجف اشرف به پرسش یکی از مومنین در این خصوص پاسخ داد.
سرمقاله آقای شریعتمداری در باره مواضع آیت‌الله سیستانی آن‌طورکه باید و شاید حلاجی و روشن نشد. شاید قدری ساده‌لوحی باشد که ادعای اشتباه و عذرخواهی را بپذیریم. چون هیچ اشتباه مهمی از فهم نظرات ایشان در آن یادداشت رخ نداده بود.
حسین شریعتمداری در یادداشتی سخنانی علیه آیت الله سیستانی مطرح کرد که بسیاری آن را اهانت به مرجعیت شیعه تلقی کردند. شریعتمداری عذرخواهی کرد، اما این پرسش باقی است که تفاوت مرجعیت شیعه در عراق و ایران چیست که در ایران به راحتی مراجع اهانت می‌شود، اما در عراق چنین اتفاقی نمی‌افتد.
شریعتمداری نوشت: آیت الله سیستانی متعلق به جهان تشیع است که گستره‌ای فراتر از این کشور و آن کشور دارد و به ایران و عراق و لبنان و سوریه و پاکستان و … محدود نمی‌شود.
مسیح مهاجری در روزنامه جمهوری اسلامی در واکنش به یادداشت حسین شریعتمداری علیه آیت الله سیستانی نوشت:بزرگ‌ترین دشمن استقلال فکری، افراد خودخواه، مستبد، خودبزرگ‌بین و انحصارطلب هستند.
حسین شریعتمداری مدیرمسئول کیهان در سرمقاله امروز خود به آیت‌الله سیدعلی سیستانی از مراجع تقلید بزرگ شیعه به سبب برخی از موضع‌گیری‌های سیاسی انتقاد کرد.
منابع نزدیک به مرجعیت می‌گویند، دفتر آیت الله سیستانی ، مرجع عالی جهان تشیع در بحبوحه بحران کرونا که جهان به ویژه مردم ایران را درگیر کرد، دست کم مبلغ ۱.۵ میلیون دلار برای کمک به درمان بیماران کرونایی در ایران اهدا کرده است.