علی شمخانی مشاور سیاسی رهبری در توییتی نوشت: نتانیاهو گفته: «ما رآکتورهای هسته‌ای ایران را نابود می کنیم و هیچ چیزی کمتر از نابودی کامل توان هسته‌ای ایران قابل قبول نیست.» تبعات این اقدام برای اسراییل خارج از تصور است اما سوال: آیا این تهدیدات ناشی از تصمیم مستقل اسرائیل است، یا هماهنگ با ترامپ و پیشبرد مذاکرات با ایران؟
اکنون و در آستانه صدروزگی ریاست‌جمهوری دونالد ترامپ، فضای دیپلماتیک منطقه بار دیگر شاهد رویدادی مهم است: «آغاز دور جدید مذاکرات غیرمستقیم میان ایران و آمریکا در مسقط.» این هم‌زمانی ناخواسته، نه یک تقارن صرف تاریخی، بلکه تذکری استراتژیک است
توییت جدید علی شمخانی ، مشاور سیاسی رهبری و دبیر پیشین شورای عالی امنیت ملی جمهوری اسلامی، با اشاره به دور دوم مذاکرات با آمریکا در کشور ایتالیا، در شبکه ایکس نوشت: «مذاکره‌کنندگان ما اختیارات کامل توافقی جامع را بر پایه ۹ اصل دنبال می‌کنند؛ جدیت، تضمین، توازن،،بدون تنش ،سرعت، رفع تحریم، نه به مدل لیبی/امارات، اجتناب از تهدید، سرعت، مهار مزاحمین مثل اسرائیل و تسهیل سرمایه‌گذاری. نه تسلیم.»
مشاور سیاسی رهبر انقلاب ۹ اصل مورد نظر ایران در مذاکرات رم را اعلام کرد. علی شمخانی نوشت: مذاکره کنندگان ایران با اختیارات کامل راهی رم شدند تا توافقی جامع را بر پایه ۹ اصل دنبال کنند: جدیت، تضمین، توازن، رفع تحریم، نه به مدل لیبی/امارات، اجتناب از تهدید، سرعت، مهار مزاحمین (مثل اسرائیل) و تسهیل سرمایه گذاری.
ایران برای توافق متوازن آمده، نه تسلیم.
تلقی این بود در دولتی که با شعار مذاکره و توافق با غرب روی کار آمدهاست، انتخاب فردی که در خوشبینانهترین حالت سابقه مبهمی در مورد مذاکرات دارد، بهعنوان مسئول پرونده، نقض غرض است
پرونده هسته‌ای ایران یکی از حساس‌ترین و استراتژیک‌ترین پرونده‌های سیاست خارجی کشور محسوب می‌شود و هرگونه تشتت مدیریتی در آن، به‌طور مستقیم بر وضعیت اقتصادی و معیشتی کشور تأثیر می‌گذارد. تجربه تاریخی ایران نشان می‌دهد که در پرونده‌های حساس سیاست خارجی، گاه چالش‌های داخلی به‌اندازه موانع خارجی تأثیرگذار بوده‌اند.
علی شمخانی درمورد برخی از اعتراضات نسبت به بررسی FATF در مجمع تشخیص مصلحت نوشت: کج سلیقگی در کنش های سیاسی به شعله ور شدن اختلافات سیاسی و افزایش کدورت ها منجر می‌شود.
نقش شمخانی و دبیرخانه‌اش در عدم احیای برجام را نمی‌توان نادیده گرفت؛ چنانچه محمود واعظی رئیس دفتر رئیس جمهوری دولت دوازدهم گفته بود اگر دبیرخانه همسو بود، چه بسا در همان دولت دوازدهم برجام احیا می‌شد.
قالیباف و شمخانی در میانه خط یک (میانه‌روها) و خط دو (تندروها) نقش «خط۳» را بازی می‌کنند؛ عنوانی که در صف‌بندی‌های اوایل انقلاب ریشه دارد، اما امروز چهره‌ها و نیرو‌هایی متفاوت این خط را نمایندگی می‌کنند. قالیباف و شمخانی شاخص‌ترین نماد‌های «خط۳ جدید» هستند
مثالی در ادبیادت فارسی است «دست پیش گرفتن برای اینکه پس نیفتند» به این معنی که تقصیر را به گردن دیگری انداختن؛ طلبکاری کردن در عین آگاهی به اینکه بدهکار است. این درست مثل دریادار علی شمخانی دبیر سابق شورای عالی امنیت ملی است. کسی که شاید در یک کشور دیگر به دلیل سومدیریت و ابهامات زیاد در حوزه خود و خانواده‌اش می‌بایست نه صرفا به افکار عمومی بلکه به دستگاه قضایی پاسخ می‌داد. اما امروز به جای پاسخگوی به مدیریت پرهزینه خود در مهمترین رکن تصمیم‌گیری در ساختار نظام حاکمیتی کشور در جایگاه یک شاکی نشسته که سه رئیس جمهور سابق را نه نقد بلکه متهم کند. این درحالی است که فراموش کرده خود در جایگاه متهم ردیف اول در این نابسامانی‌هاست.
روحانی هیچ قصدی برای واکنش به خروج آمریکا از برجام نداشت.
او می‌خواست به تلافی، موانع قاچاق مواد مخدر و ورود افغانستانی‌ها به اروپا را بردارد، اما این راهش نبود. ما قانون راهبردی را طراحی کردیم که تنها راه مقابله بود!