علی مطهری در واکنش به تصمیم جدید مجلس در مورد قوانین انتخابات مجلس در توئیتی نوشت: تشخیص مدیر و مدبر بودن نامزدهای ریاست جمهوری را بر عهده شورای نگهبان گذاشته و نیز این شورا را مجاز به بررسی برنامه آنها دانسته است.
علی مطهری، نماینده سابق مجلس گفت: اینکه ما یک رئیس جمهور نظامی داشته باشیم به معنی قحط الرجال است و اینکه ما نیروی غیرنظامی در حد ریاست جمهوری نداریم و مجبور شدهایم از میان نظامیها رئیس جمهور انتخاب کنیم. این به صلاح کشور نیست.
علی مطهری در یادداشتی نوشت:بدون شک نوع رفتار برخی افراد و گروههایی که خود را انقلابی مینامند و معمولاً مرتبط با نهادهای حکومتی هستند آفتی است که کیان جمهوری اسلامی را تهدید میکند.