دقایقی بعد نیز خودرو کارآگاهان تشخیص هویت پلیس آگاهی در حالی که محمدعلی نجفی نیز داخلش بود مقابل ساختمان توقف کرد. بدین ترتیب نجفی به همراه کارآگاهان تشخیص هویت - و نه با خودرو زندان - از خودرو پیاده و با حضور مأموران حفاظت اطلاعات وارد ساختمان شدند.
این در حالی بود که از حضور خبرنگاران و وکلای مقتول به داخل ساختمان جلوگیری شد.
پس از گذشت 4 ساعت از حضور نجفی، قضات و کارشناسان و کارآگاهان پلیس آگاهی بازسازی صحنه به اتمام رسید و نجفی بار دیگر به زندان بازگشت.
قاضی کشکولی پس از خروج از ساختمان در پاسخ به سؤالات متعدد خبرنگاران سکوت کرد و فقط به بیان اینکه مصاحبه نمیکنم، اکتفا کرد.
حمیدرضا گودرزی، وکیل محمدعلی نجفی گفت: «بازسازی دوباره صحنه قتل برای رفع ابهام ها و سؤالاتی بود که دیوان عالی کشور در پرونده گرفته بود. به همین خاطر صبح دیروز 3 کارشناس پزشکی قانونی به همراه سرگرد عزتی، کارشناس اولیهای که برای بررسی نحوه شلیک گلولهها تعیین شده بود، و 3 کارشناس اسلحه شناسی در محل بازسازی صحنه حضور داشتند. نجفی در هنگام بازسازی صحنه قتل به سوالات و شبهات موجود در پرونده پاسخ داد و اظهار داشت که هنگام درگیری با میترا استاد در حمام تعادل نداشته و با اختیار شلیک نکرده است بلکه بر اثر گلاویز شدن با میترا ناخودآگاه دستش روی ماشه فشار وارد کرده و گلولهها بیهدف شلیک شده است.»
در پایان بازسازی صحنه کارشناسان از قاضی پرونده 2 هفته مهلت خواستهاند تا با بررسی دقیق ماجرا اظهارنظر نهایی خود را به دادگاه تسلیم کنند.